雇主於嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例(以下稱紓困特別條例)施行期間(109年1月15日至110年6月30日)，如有依紓困特別條例第4條規定給付員工之薪資費用，得加倍認列減除。
為使機關（構）、事業單位、學校、法人、團體積極參與防疫及提高給付薪資誘因，倘其受僱員工經國內各級衛生主管機關認定應接受居家隔離、居家檢疫、集中隔離、集中檢疫或為照顧生活不能自理之受隔離、檢疫家屬、或依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示而得請假者，得就給付員工請假期間薪資之200%，自當年度營利事業所得額減除。
前揭給付員工請假期間之薪資金額，除應減除政府補助款外，如該薪資已適用其他法律規定之租稅優惠，則不得重複適用，且當年度依所得稅法第24條規定計算所得額已為負數者，不適用加倍減除。
如有適用嚴重特殊傳染性肺炎員工防疫隔離假薪資費用加倍減除辦法之情形，應於辦理該年度所得稅結算、決算或清算申報時，依規定格式(例如：租稅減免第A10-1頁、第A31頁或教育文化公益慈善機關或團體及其作業組織結算申報書第14頁等)填報並檢附請假紀錄、薪資金額證明、計算明細表、各級衛生主管機關開立員工本人或其家屬之居家隔離通知書等相關證明文件。