A公司107年度營利事業所得稅結算申報時，主張源自日本的財產交易所得及營業利潤，已併入營利事業所得稅申報，其在日本繳納稅款，為「依境外所得來源國稅法規定繳納之所得稅可扣抵之稅額」，應可准予列報。
我國與日本於104年11月26日簽署臺日租稅協定，自105年6月13日生效，該協定第28條規定，營利事業所得稅於106年1月1日以後之所得適用。又A公司於日本無固定營業場所，即無「常設機構」，其取自日本之財產交易所得及營業利潤，依臺日租稅協定，均僅由我國課徵所得稅，A公司應向日本申請適用臺日租稅協定，免予課稅。惟其未申請而溢繳之國外稅額，依適用所得稅協定查核準則第26條第2項規定尚不得申報扣抵我國營利事業所得稅。
為消除雙重課稅，本於互惠原則，國際間或訂有租稅協定，目前我國簽署生效之全面性所得稅協定有33個，該局提醒有境外所得之納稅人，可透過財政部網站(服務園地∕國際財政服務資訊∕所得稅協定專區)查詢，所得來源國與我國是否訂有租稅協定及各境外所得類別協議課稅方式，以保障權益。