107年2月7日修正公布所得稅法第42條，已刪除第2項有關教育、文化、公益、慈善機關或團體(以下簡稱機關團體)獲配國內股利或盈餘不計入所得額課稅之規定，機關團體於110年5月辦理109年度結算申報時，應注意將109年度獲配之股利或盈餘計入所得額，並依所得稅法及教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準(以下簡稱免稅標準)規定徵、免所得稅。
【舉例說明】如甲財團法人109年度結算申報案件，申報銷售貨物或勞務以外之捐贈收入300萬元及股利所得700萬元、與創設目的有關活動之支出200萬元及本期結餘款800萬元，因當年度用於與創設目的有關活動之支出，未達基金之孳息及其他各項收入之60%〔(捐贈300萬元+股利700萬元)×60%=600萬元〕，亦未向主管機關申請保留結餘款使用計畫，不符免稅標準第2條第1項第8款規定，應就全部結餘款課稅，另依修正後所得稅法第42條規定，股利所得700萬元亦不得於課稅所得額中減除，甲財團法人109年度結算申報課稅所得額即為結餘款之全數800萬元，應納稅額為160萬元(800萬元×稅率20%)。
自107年1月1日起，機關團體獲配股利或盈餘已非屬免稅收入，應計入其所得額並依所得稅法及免稅標準規定徵、免所得稅。