財政部為協助因疫情使得營業額驟降致發生營運困難之營業人度過難關，於109年5月13日發布「財政部各地區國稅局受理營業人因嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)疫情影響申請退還營業稅溢付稅額審核作業原則（以下簡稱審核原則）」，放寬申請退還程序，只要符合營收驟降等條件（如附表），經申請後國稅局會加速審核退還，實施10個月以來，截至110年3月31日止，該局總共已核准1,551家營業人之申請案，合計退還營業稅額3.16億元，申請期限將於110年6月30日截止，符合資格條件之營業人如有需求，應把握時限提出申請(詳附表)。
依加值型及非加值型營業稅法第39條第2項規定，營業人申報同條第1項規定以外之營業稅溢付稅額，應留抵次期應納營業稅，但情形特殊者得報經財政部核准退還。因應疫情下營業人之資金需求，審核原則特別規定帳列營業稅溢付稅額在30萬元以下之案件，於109年5月13日至110年6月30日期間內得檢具申請書及相關證明文件，向稅籍所在地國稅局申請退還，免逐案報部核准。
受理申請退還溢付稅額案件中，有少數案件不符合規定。【舉例說明】甲公司因109年7-8月營業收入較前一年同期平均營業額減少達15%以上，向所轄稽徵機關申請退還溢付稅額，惟經審核後發現甲公司帳上並無營業稅溢付稅額，致無從退稅；其他否准原因包括於紓困條例施行日（109年1月15日)非營業中、無營收驟減情事及申請時稅籍已註銷等情形，該局籲請營業人於申請前應先自行檢視是否符合申請要件。
簡化作業之申請期限將屆，為利營業額驟降之營業人快速取得退稅款，申請時可利用金融機構帳戶以直撥退稅方式退稅。倘需進一步瞭解相關作業，該局及所屬單位均設有專人諮詢窗口提供服務，相關資訊可至該局網站(https://www.ntbna.gov.tw)「安心防疫線上服務專區」項下「營業人受疫情影響申請退還營業稅溢付稅額專區」查詢。