營利事業如依「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」第3條第3項規定給予員工防疫隔離假，並給付員工該請假期間之薪資，依同條例第4條規定得就該薪資金額加倍減除，於申報109年度營利事業所得稅結算申報時，應檢附請假紀錄、薪資金額證明、計算明細表及衛生主管機關開立員工本人或其家屬之居家隔離通知書等相關證明文件，填寫租稅減免申報附冊第A31頁申報明細表，並將得減除金額填列於申報書第1頁第133欄「嚴重特殊傳染性肺炎員工防疫隔離假薪資費用加倍減除金額」內。
營利事業因受疫情影響，如有依前揭條例第9條之1規定自政府領取之補貼、補助、津貼、獎勵及補償等各項補助，免納所得稅，該金額應列為取得年度之免稅收入，於辦理當年度營利事業所得稅結算、決算或清算申報時，得自行依法調整減除該筆免稅收入。
前述2項租稅措施係為鼓勵企業提供有薪之防疫隔離假以維持員工生計，及協助受疫情影響之產業而提供之紓困措施，為落實政策目的，故員工防疫隔離假薪資費用加倍減除金額及自政府領取補貼免納所得稅之金額，均不列為所得基本稅額條例第7條第1項第10款規定應加計營利事業基本所得額之項目。