依所得稅法第3條第2項規定，營利事業總機構在我國境內者，應就其境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。但來自境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵。扣抵之數，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。惟如有依所得稅協定規定屬於他方締約國免予課稅之所得，或訂有上限稅率之所得，依適用所得稅協定查核準則第26條第2項規定，其因未適用所得稅協定而溢繳之國外稅額不得申報扣抵。
【舉例說明】甲公司108年度取得其轉投資之日本公司所給付之股利收入200萬元，且已於日本繳納稅額40.84萬元，依所得稅法第3條第2項規定計算，申報依境外所得來源國稅法規定繳納之所得稅可扣抵之稅額（下稱境外來源可扣抵稅額）40萬元，惟我國與日本已簽訂亞東關係協會與公益財團法人交流協會避免所得稅雙重課稅及防杜逃稅協定(簡稱臺日租稅協定)，並自106課稅年度起適用，依據臺日租稅協定第10條第2款但書規定，股利之受益所有人如為他方領域之居住者，其課徵之稅額，不得超過股利總額之10%(即上限稅率為10%)，故因日本僅得課徵20萬元稅額，甲公司僅可列報20萬元之境外來源可扣抵稅額。
甲公司溢繳之境外稅額20.84萬元不得申報扣抵我國應納稅額部分，可向所轄稽徵機關申請居住者證明，並檢具日本稅務機關規定之申請文件，依租稅協定向日本稅務機關申請退還。
目前我國已簽署生效全面性所得稅協定有33個國家，營利事業如有取得境外來源所得，應留意租稅協定減免所得稅之規定，以免影響自身權益。如仍有不明瞭之處，可至網站(網址https://www.ntbna.gov.tw)查詢相關法令。