中小企業發展條例第35條規定，中小企業投資於研究發展之支出，在不超過當年度應納營利事業所得稅額30%限額內，得擇一於支出金額15%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，或於支出金額10%限度內，抵減自當年度起3年內各年度應納營利事業所得稅額；抵減方式一經擇定，不得變更。
依「中小企業發展條例」授權訂定之「中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法」（以下簡稱中小企業研發投抵辦法）規定，適用上開研究發展支出投資抵減之企業，其主體須為依法辦理「公司」登記並合於中小企業認定標準之事業，且研究發展活動須經中央目的事業主管機關（經濟部）認定符合中小企業研發投抵辦法第2條、第3條及第4條規定，始得適用該投資抵減之?勵。
依據中小企業研發投抵辦法第12條規定，中小企業從事研究發展支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢具相關文件向中央目的事業主管機關（經濟部）申請研究發展活動之認定，例如會計年度屬曆年制者，109年度欲適用中小企業研發支出投資抵減營利事業所得稅，應於110年2月起至5月底間提出申請。另中小企業若有(1)專為用於研究發展所購買或使用之專用技術；(2)專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統；(3)委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用；(4)中小企業與國內、外公司、大專校院或研究機構共同研究發展所為之支出須申請專案認定者，應與研究發展活動認定之申請案併案提出申請。申請日之認定以申請文件送達中央目的事業主管機關之日或交郵當日之郵戳為準。
中小企業109年度如欲適用中小企業發展條例之研究發展支出投資抵減，請於上開規定期限內，向中央目的事業主管機關提出研究發展活動及專案支出認定之申請，以免影響適用投資抵減之權益。