依據產業創新條例授權訂定的公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法（以下簡稱研發投抵辦法）第14條規定，公司或有限合夥事業從事研究發展支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢附相關文件向中央目的事業主管機關（以下簡稱主管機關）申請研究發展活動之認定。
依據產業創新條例第10條規定，公司或有限合夥事業最近3年內無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事者，其投資於研究發展的支出，得選擇於支出金額15%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，或是於支出金額10%限度內，自當年度起3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額，此兩種方式一經擇定不得變更，並以不超過公司或有限合夥事業當年度應納營利事業所得稅額30%為限。
公司或有限合夥事業研究發展活動須經主管機關認定符合研發投抵辦法第2條、第3條及第4條規定，109年度始得適用前揭投資抵減之租稅優惠。故公司或有限合夥事業之會計年度屬曆年制者，應於110年2月起至5月底止（末日之認定依行政程序法規定），檢具研發投抵辦法第14條第1項規定之相關資料，向主管機關申請認定其109年度是否符合資格條件及其研究發展活動是否具有高度之創新；另公司或有限合夥事業若有(1)專為用於研究發展所購買或使用的專用技術；(2)專為用於研究發展所購買的專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統；(3)委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員的費用；(4)與國內、外公司共同研發等之支出須申請專案認定者，應與研究發展活動認定的申請案併案向主管機關提出申請。申請日的認定以送達主管機關之日為準；採郵遞者，應以掛號寄送，並以交郵當日的郵戳日期為準。
公司或有限合夥事業109年度如欲適用產業創新條例研究發展之投資抵減租稅優惠，應注意於前開規定期限內，向主管機關提出研究發展活動及專案支出認定之申請，以免影響適用投資抵減之權益。