身心障礙特別扣除額於所得稅法、遺產及贈與稅法均有規定，但適用對象並不相同。邇來有納稅義務人詢問其領有身心障礙手冊，歷年綜所稅申報身心障礙特別扣除額均經國稅局核准扣除，但其以繼承人身分申報其母親(被繼承人)遺產稅時，為何卻遭國稅局否准扣除呢？
依所得稅法規定，納稅義務人、配偶或申報受扶養親屬領有社政主管機關核發之身心障礙證明(或手冊)影本，或精神衛生法第19條第1項規定之專科醫師診斷證明書影本，於申報個人綜合所得稅時，可列報身心障礙特別扣除額，109年度每人可扣除200,000元，應檢附之證明文件不得以重大傷病卡代替。而遺產及贈與稅法規定，被繼承人所遺配偶、直系血親卑親屬(限繼承人)、父母，如為身心障礙者保護法第3條規定之「重度以上」身心障礙者，或精神衛生法第3條第4款規定之病人，可檢附社政主管機關核發之重度以上身心障礙證明（或手冊）影本，或精神衛生法第19條第1項規定之專科醫師診斷證明書影本，列報身心障礙特別扣除額，每人可扣除618萬元，但身心障礙者如果依法有繼承權而拋棄繼承者，則不能列報扣除。
綜所稅與遺產稅於列報身心障礙特別扣除額不同之處，為綜所稅無論係納稅義務人本人、配偶或申報受扶養親屬(包括本人、配偶之直系尊親屬、旁系同胞兄弟姊妹、子女或其他親屬家屬等)，凡領有身心障礙證明者，均可列報扣除；然遺產稅可適用身心障礙扣除額之對象為被繼承人所遺之配偶、直系血親卑親屬(限繼承人)、父母等，如果繼承人為被繼承人之兄弟姊妹，則無法列報該兄弟姊妹之身心障礙扣除額。此外，於遺產稅，被繼承人所遺之配偶、直系血親卑親屬(限繼承人)、父母等須符合屬領有「重度以上」等級之身心障礙者，始可列報遺產稅扣除額；亦即納稅義務人雖領有「輕度、中度」等級之身心障礙證明，如以繼承人身分申報被繼承人遺產稅時，依規定尚無法列報身心障礙特別扣除額。（附表：身心障礙特別扣除額於綜合所得稅與遺產稅之適用比較表）