合於所得稅法第4條第13款規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體（以下稱機關或團體）及其作業組織，依所得稅法第71條之1第3項規定，應辦理結算申報；並依教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準(以下稱免稅適用標準)暨相關法令規定徵免所得稅。
機關或團體所得稅結算申報常見之錯誤或疏漏樣態分述如下，提供機關或團體參考：
一、機關或團體辦理各項訓練課程，向參訓學員收取費用；或承辦政府委辦業務，所取得之收入；或舉辦運動賽事、活動所收取之門票收入等，皆屬銷售貨物或勞務之範疇。常見機關或團體將前開銷售貨物或勞務之收入，列為銷售貨物或勞務以外之收入，影響銷售貨物或勞務所得之正確性。
二、免稅適用標準所稱「其用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入60%。」（以下稱支出比例），係指按當年度之支出與收入比較核計，以往年度結餘款及動支金額不計入當年度之收入及支出。常見機關或團體於計算支出比例時，將以往年度結餘款列為當年度之收入計入分母，或將以往年度結餘款動支金額列為當年度之支出計入分子，經重新正確計算後當年度支出比例低於收入60%，致不符合免稅適用標準第2條第1項第8款規定。
三、機關或團體獲配國內營利事業之股利淨額，不論現金股利或股票股利，均應計入銷售貨物或勞務以外之收入。常見機關或團體漏未將股票股利列為當年度之收入計入分母，致未能正確計算當年度之支出比例。
四、財產總額或當年度收入總額達新臺幣1億元以上之機關或團體，其本身之所得及其附屬作業組織之所得免納所得稅者，除應符合免稅適用標準第2條第1項各款規定外，並應委託經財政部核准為稅務代理人之會計師查核簽證申報。常見機關或團體其當年度收入總額達新臺幣1億元以上，並未委託會計師查核簽證，嗣經稽徵機關輔導並限期補辦，始視為符合免稅適用標準規定。