營利事業經查獲取得非實際交易對象開立之憑證申報扣抵銷項稅額，除核定補徵其不得扣抵之稅款外，並應依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第51條第1項第5款及稅捐稽徵法第44條規定，擇一從重處罰。如營利事業確有進貨事實，取得非實際交易對象開立之憑證係由實際銷貨之營利事業所交付，且實際銷貨之營利事業已依法補稅處罰者，該進貨之營利事業免按前開規定處罰。
營利事業於購買貨物或勞務時，應確實取具實際交易對象所開立之統一發票，其未依規定取得憑證及申報扣抵銷項稅額，即該當稅捐稽徵法第44條第1項「應自他人取得憑證而未取得」之客觀構成要件，一旦違反作為義務，不論依營業稅法第51條第1項第5款規定計算有無漏稅結果，均應擇一從重處罰。倘營利事業因一時不察取得非實際交易對象開立之統一發票，作為進項憑證申報扣抵銷項稅額，經稽徵機關查獲後，可提示所保存之交易資料及支付價款證明，供國稅局查明並對實際銷貨之營利事業補稅處罰，以符合營業稅法第51條第2項及稅捐稽徵法第44條第1項但書免予處罰之規定。
【舉例說明】甲公司106年11月間申報乙公司開立之統一發票銷售額1,000,000元，營業稅額50,000元，作為進項憑證申報扣抵銷項稅額，經查獲乙公司開立之統一發票為不實進項憑證，核定補徵甲公司營業稅額50,000元，並處罰鍰50,000元。甲公司不服該罰鍰處分申請復查，主張所取得乙公司開立之統一發票係A君交付，並提供交易時留存之金流文件及聯絡資訊。嗣查明A君係實際交易人，且甲公司所取得乙公司開立之統一發票確由A君直接交付予甲公司，該局遂就A君涉及未辦理稅籍登記銷售貨物一案依法補稅處罰在案，並經復查決定將甲公司之罰鍰予以註銷。
營利事業取具統一發票時，應注意憑證所記載之銷貨營業人與實際交易對象、付款對象係真實且一致，並應保存交易資料及支付價款證明以佐證其交易事實，營利事業倘因一時不察取得非實際交易對象開立之統一發票，作為進項憑證申報扣抵銷項稅額，在未經檢舉及稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前自動補報及補繳所漏稅額，並加計利息者，可依稅捐稽徵法第48條之1規定，免予處罰。