依加值型及非加值型營業稅法第35條第1項規定，營業人不論有無銷售額，應按期申報並檢附有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付稅額。因此，營業人之進項稅額准予扣抵或退還，應以「已申報者」為前提，如營業人於稽徵機關查獲短漏報銷售額後，始提出合法進項憑證，於計算漏稅額時，該進項稅額不得自當次查獲短漏報之銷項稅額中扣抵。
【舉例說明】銷售汽車零件之批發商甲公司銷售貨物短漏開銷售額500萬元（不含稅，銷項稅額25萬元），經稽徵機關查獲後，甲公司提出汽車零件製造商乙公司所開立之統一發票銷售額400萬元（不含稅，進項稅額20萬元），主張該筆發票尚未申報，其進項稅額還可以扣抵銷項稅額，故計算漏稅額時，應以銷項稅額25萬元減除進項稅額20萬元，以5萬元為本次漏稅額補稅及裁罰基準。惟依上開規定，查獲短漏報銷售額始提出進項憑證不得扣抵銷項稅額，是稽徵機關仍應以25萬元為漏稅額，計算補稅及裁罰。
營業人銷售貨物或勞務時，應誠實開立統一發票及報繳營業稅，如因一時疏忽，有漏開漏報統一發票情形，只要在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查案件前，主動向轄區國稅局補報並補繳應納稅額及加計利息，就免予處罰，且未於當期申報的進項稅額憑證，也可以同時申報扣抵。