為鼓勵公司持續投入創新研發活動以提升自主研發能力促進產業創新，依產業創新條例第10條規定，最近3年內無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事之公司或有限合夥事業投資於研究發展之支出，可申請適用投資抵減，支出金額在規定之比率限度內，抵減應納營利事業所得稅。
政府對於公司之研究發展支出，訂有租稅減免之獎勵規定，但為避免同一筆研究發展費用享有雙重優惠，依公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減第13條規定，公司或有限合夥事業適用投資抵減之研究發展支出，不包含政府補助款及研究發展單位產生之收入在內，公司若有取得前述款項，除應於辦理營利事業所得稅結算申報時將該筆補助款列報收入外，並應自申請投資抵減稅額之研究發展支出中減除。
【舉例說明】甲公司107年度營利事業所得稅結算申報列報研究發展支出1,500萬元及投資抵減225萬元，經查甲公司有取得政府補助款100萬元，雖已依規定列報其他收入，但並未自研究發展支出中減除，依規定將該筆補助款減除後，核定補徵稅額15萬元。