嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例(下稱紓困條例)第9條之1第1項規定，受嚴重特殊傳染性肺炎影響而依本條例、傳染病防治法第53條或其他法律規定，自政府領取之補貼、補助、津貼、獎勵及補償(下稱各項補助)，免納所得稅。財政部本(25)日核釋，適用上開免稅規定者，為紓困條例、傳染病防治法第53條等規定或其授權辦法所定之補助對象及所領取之各項補助；另明定上開補助免列單申報及相關成本費用得核實認列，以利徵納雙方遵循。
各主管機關依紓困條例等規定核發各項補助，其中部分補助項目如薪資補貼係以個別員工薪資之一定成數計算，實務上衍生補助對象究屬事業或員工，及適用免稅之主體為何等疑義。鑑於各主管機關係依紓困條例及傳染病防治法第53條等規定或其授權訂定之辦法核發補助，該等法規已明定補助對象及其申請條件，爰得適用免納所得稅者，應為該等法規所規定之補助對象及其所領取之各項補助。
參照該部現行解釋函令免稅補助收入無須列單申報之做法，政府機關(單位)核發上開免納所得稅之各項補助，免依所得稅法第89條第3項規定列單申報主管稽徵機關。另考量紓困條例提供免稅優惠之立法目的，避免影響紓困補助之發放目的及實質效益，爰核釋醫療(事)機構、營利事業或機關團體取得上開各項補助，應列為取得年度之免稅收入(於辦理所得稅結算申報時，自行依法調整減除該筆免稅收入)，其必要成本及相關費用得核實認列，無須依所得稅法第24條第1項規定個別歸屬或分攤於該免稅收入。醫療(事)機構如屬個人執行業務者，其依所得稅法第14條第1項第2類採核實計算執行業務收入及相關成本費用者，亦採相同方式，得核實認列相關成本費用。
紓困條例第9條之1第1項規定提供個人、醫療(事)機構、營利事業或機關團體領取補助免納所得稅之優惠，希藉此激勵相關單位及人員投入防疫工作，讓受疫情影響而發生營運困難之企業、員工及相關從業人員度過難關，以達產業紓困及振興之效果。