房地合一課徵所得稅制度（下稱新制）自105年1月1日起實施，總機構在中華民國境內營利事業出售房屋、房屋及其坐落基地或依法得核發建造執照之土地（以下合稱房地），應先以收入減除相關成本、費用或損失後數額作為當年度之房地交易所得額，再減除依土地稅法規定計算之土地漲價總數額後之餘額，計入營利事業所得額課稅，餘額為負數者，以零計算；房地交易所得額為負者，得自營利事業所得額中減除，但不得減除土地漲價總數額。另依土地稅法規定繳納之土地增值稅，不得列為成本或費用。
總機構在中華民國境內營利事業出售房地適用新制者，倘當年度交易2筆以上之房屋、土地，應依規定逐筆計算填報，避免土地漲價總數額減除錯誤，致短漏報課稅所得額。釋例：總機構在中華民國境內甲公司於109年度交易3筆新制房地，其第2筆計算之房地交易所得額70萬元，減除依土地稅法規定計算之土地漲價總數額80萬元後之餘額為-10萬元，應以0元計入營利事業所得額；另第3筆房地交易所得額為-20萬元，則不得再減除土地漲價總數額40萬元，以-20萬元計入營利事業所得額。