依境外資金匯回管理運用及課稅條例（以下簡稱該專法）第6條第1項規定，存入外匯存款專戶（下稱該專戶）資金管理運用方式可分為：實質投資、自由運用及金融投資等3項，個人及營利事業可考量自身需求自行安排。如依該專法規定向經濟部申請從事並完成實質投資，且取具經濟部核發完成證明者，得申請退回其適用稅率8%或10％繳納稅款之半數。
個人及營利事業如有以下未依規定提取運用、補報備查、回存等情形，由相關單位就該資金按20％稅率課稅補徵差額12％或10％稅款：
一、採實質投資（經經濟部核准直接或間接投資產業）
未依核定投資計畫從事投資而移作他用者，或經通知仍未補報備查者，或未依規定從事投資且未存回該專戶者。
二、採自由運用（扣除稅款後5%為限）
用於購置不動產、依不動產證券化條例所發行或交付受益證券者。
三、採金融投資（扣除稅款後25%為限，並存入信託專戶或全委專戶）
未依規定提取、移作他用或作為質借擔保標的者，或未依規定存回該專戶者。
【舉例說明】甲公司於109年2月間申請並經核准匯回境外轉投資收益計新臺幣（下同）3億元，受理銀行按匯回時規定稅率8%扣取稅款2,400萬元，存入該專戶金額2億7,600萬元（3億元－扣取稅款2,400萬元），於第3年提取上限5%「自由運用」資金1,380萬元（扣取稅款後資金2億7,600萬元×5%）購買不動產，未符合該專法規定，將補徵差額稅款180萬元〔1,380萬元÷（1－8%）×（20%－8%）〕。
倘經查獲以自由運用額度於管控期間（5年）內購置不動產、依不動產證券化條例所發行或交付之受益證券者，國稅局將依該專法規定補徵稅款，以符合立法意旨。