依境外資金匯回管理運用及課稅條例(以下簡稱該專法)第6條第1項規定,存入外匯存款專戶(下稱該專戶)資金管理運用方式可分為:實質投資、自由運用及金融投資等3項,個人及營利事業可考量自身需求自行安排。如依該專法規定向經濟部申請從事並完成實質投資,且取具經濟部核發完成證明者,得申請退回其適用稅率8%或10%繳納稅款之半數。
個人及營利事業如有以下未依規定提取運用、補報備查、回存等情形,由相關單位就該資金按20%稅率課稅補徵差額12%或10%稅款:

一、採實質投資(經經濟部核准直接或間接投資產業)
未依核定投資計畫從事投資而移作他用者,或經通知仍未補報備查者,或未依規定從事投資且未存回該專戶者。
二、採自由運用(扣除稅款後5%為限)
用於購置不動產、依不動產證券化條例所發行或交付受益證券者。
三、採金融投資(扣除稅款後25%為限,並存入信託專戶或全委專戶)
未依規定提取、移作他用或作為質借擔保標的者,或未依規定存回該專戶者。

【舉例說明】甲公司於109年2月間申請並經核准匯回境外轉投資收益計新臺幣(下同)3億元,受理銀行按匯回時規定稅率8%扣取稅款2,400萬元,存入該專戶金額2億7,600萬元(3億元-扣取稅款2,400萬元),於第3年提取上限5%「自由運用」資金1,380萬元(扣取稅款後資金2億7,600萬元×5%)購買不動產,未符合該專法規定,將補徵差額稅款180萬元〔1,380萬元÷(1-8%)×(20%-8%)〕。

倘經查獲以自由運用額度於管控期間(5年)內購置不動產、依不動產證券化條例所發行或交付之受益證券者,國稅局將依該專法規定補徵稅款,以符合立法意旨。