為協助受嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)疫情影響發生營運困難之營業人，財政部已發布相關作業原則，只要符合一定條件者，即可於109年1月15日至110年6月30日間，檢具申請書及相關證明文件，向所在地國稅局申請退還營業稅溢付稅額，但退還稅額累計以新臺幣30萬元為限。
依加值型及非加值型營業稅法第39條規定，營業人之溢付稅額除銷售適用零稅率貨物或勞務、取得固定資產，及合併、轉讓、解散或廢止申請註銷登記者，由國稅局查明退還外，另外情形特殊者，得報經財政部核准退還。財政部考量營業人受疫情影響發生營運困難，如依前開規定逐案報准，恐影響其資金運用效率，為協助營業人申請退還溢付稅額，並簡化作業流程，於109年5月13日發布「財政部各地區國稅局受理營業人因嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)疫情影響申請退還營業稅溢付稅額審核作業原則」，由營業人所在地國稅局查明後退還，無須逐案報財政部核准，以加速核准退還溢付稅額，提升營業人資金運用效率。相關適用範圍摘述如下：
(一)期間：109年1月15日至110年6月30日。
(二)對象：109年1月15日營業稅稅籍狀況為營業中之營業人。
(三)條件：經中央目的事業主管機關依嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例第9條第3項所定紓困振興或補償紓困辦法，提供相關紓困措施者；或其他受疫情影響，致短期間內營業收入驟減者(例如：自109年1月起任連續2個月，平均營業額較108年12月以前6個月或前1年同期平均營業額減少達15%)。
(四)限額：累計以新臺幣30萬元為限。
(五)申請方式：於期間內，檢具申請書及相關證明文件向所在地國稅局提出。
目前財政部網站已建置「財政部因應嚴重特殊傳染性肺炎專區」(https://www.mof.gov.tw/covid19)，相關規定及申請書表可至該專區項下「稅務協助度難關」中查詢或下載使用，國稅局提醒，有相關需求且符合資格之營業人，可利用金融機構帳戶直撥退稅方式退稅，以加速取得退稅款。