營利事業依「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」第3條第3項規定，給付員工集中(居家)檢疫或隔離、員工為照顧生活不能自理之受隔離或檢疫家屬而請之防疫隔離假，或員工依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示而得請假期間之薪資，按同條例第4條規定，得就該薪資金額之200%，自當年度營利事業所得稅結算、決算或清算申報之所得額中減除。此外，依同條例第9條之1規定自政府領取之補貼、補助、津貼、獎勵及補償，免納所得稅。
前述2項租稅紓困措施係為鼓勵企業提供有薪之防疫隔離假，以維持員工生計及協助受疫情影響之產業，為落實政策目的，員工防疫隔離假薪資費用符合前揭規定加倍減除金額及自政府領取補貼適用免稅規定金額，不列為所得基本稅額條例第7條第1項第10款規定應加計營利事業基本所得額之項目。
為便利民眾瞭解財政部因應疫情之相關稅務規定及申請流程，財政部網站已建置「嚴重特殊傳染性肺炎專區」(https://www.mof.gov.tw/covid19)提供即時資訊，請多加利用。