個人匯回境外資金得選擇適用「境外資金匯回管理運用及課稅條例」（以下簡稱資金專法）課稅，或提示證明文件，以辨認匯回資金性質，釐清屬於核課期間內之海外所得金額，依所得基本稅額條例或臺灣地區與大陸地區人民關係條例規定課稅。
「境外資金」不等於「境外所得」，為避免個人誤以為匯回境外資金會全部被視為海外所得課稅，財政部在108年1月31日發布解釋（詳附件1），明確規範境外資金不用課徵所得稅的3種態樣，包括：(1)非屬海外所得的資金；(2)屬海外所得但已課徵所得基本稅額的資金；(3)已逾核課期間的資金，並規定相關認定原則與應提示文件，協助個人釐清境外資金的性質。個人可以提出有利的證明文件，主張匯回資金的構成內容與性質，釐清屬於核課期間內未辦理申報的海外所得，海外所得加計應計入基本所得額項目之金額如超過新臺幣670萬元（102年度為600萬元）者，可依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報（稅率20%），有應補繳基本稅額者，除加計利息外，免予處罰。
個人因資金累積在外多年，如境外資金無法辨識所得金額與判斷是否逾核課期間，可向戶籍所在地國稅局申請適用資金專法課稅。申請適用資金專法課稅，不必提供境外資金來源、構成內容與性質的相關證明文件，匯回資金應存入外匯存款專戶，由受理銀行於資金存入專戶時扣取稅款。
資金專法施行期間僅2年，第1年優惠稅率8%申請期間已過，個人欲依資金專法規定匯回境外資金，適用第2年優惠稅率10%者，應注意把握最後1年申請期限（109年8月15日至110年8月14日）。