營利事業投資國外基金利得，應與其國內之營利事業所得合併申報營利事業所得稅，不適用所得稅法第4條之1證券交易所得停止課徵所得稅之規定。
基金投資依註冊地不同，分為國內基金及國外基金兩種，所謂國內基金，係指在國內登記註冊並發行之基金，依現行所得稅法第4條之1規定，處分國內基金所發生之利得屬證券交易所得，於證券交易所得停徵期間，免徵營利事業所得稅，惟應申報營利事業所得基本稅額；至於國外基金，係指登記註冊在我國以外之地區，由國外基金公司所發行，經我國政府核准後在國內銷售之基金，其處分基金之利得屬於境外投資所得，不適用證券交易所得停徵所得稅之規定，仍應依所得稅法第3條第2項規定併計營利事業所得額申報納稅。又除了處分國外基金之利得應課徵所得稅外，舉凡國外基金配發孳息、基金轉換（即贖回基金再申購新基金）或合併消滅等交易認列之收益，亦屬營利事業的境外所得，應併計營利事業所得額課稅。
【舉例說明】甲公司運用短期資金經由A銀行購買國外基金，於106年度處分時產生利得800萬元，甲公司誤以為該筆利得屬依所得稅法第4條之1規定停徵之證券交易所得而漏未申報經該局查獲短漏報課稅所得額，除補徵稅額外，並依所得稅法第110條第1項規定，處罰鍰81萬6千元。
營利事業從事基金交易應注意區分國內基金或國外基金，於辦理營利事業所得稅結算申報時正確申報，若無法判斷持有之基金投資為國內基金或國外基金，可逕向基金申購單位查詢或自行至基金資訊觀測站（網址https：//announce.fundclear.com.tw）查詢境外基金公開資訊，以免短漏報所得而受罰。