扣繳義務人未依法扣繳稅款及辦理申報，縱所得人已將該筆應扣繳所得合併取得年度綜合所得稅報繳，扣繳義務人雖得免補繳扣繳稅款，但違反扣繳義務部分仍應處罰，請扣繳義務人留意扣繳相關規定，以免受罰。
【舉例說明】甲君為Ａ公司負責人，也就是所謂扣繳義務人，該公司於107年3月給付租金80萬元予出租人乙君，甲君僅按租金50萬元扣繳10%稅款5萬元，並於108年1月填發50萬元之扣繳憑單，經該局查獲，乃依所得稅法第114條第1款規定，以短扣繳稅款3萬元〔（80萬元-50萬元）×10%〕處罰。甲君不服，主張所得人乙君於108年5月申報107年度綜合所得稅時，已依法自行申報該筆租賃所得80萬元並繳稅，並未因其短扣稅款及短報扣繳憑單給付額，而發生所得人逃漏所得稅之結果，應免予處罰。經該局以甲君既為扣繳義務人，其未履行所得稅法第88條規定之扣繳義務，自應依行為時違反扣繳義務之處罰規定辦理，並不因嗣後所得人已申報繳納所得稅而免除其扣繳義務人之責任，駁回所請。
於給付各類所得時，應注意是否屬所得稅法第88條規定之應扣繳所得，如符合應扣繳之所得，應依法扣取稅款並依規定繳納及填發憑單申報，避免因一時疏失，致遭限期責令補繳應扣未扣或短扣之稅款及補報扣繳憑單外，尚須受罰，得不償失。