依稅捐稽徵法第34條第3項第1款規定，經稅捐稽徵機關核定之案件，納稅義務人未依法申請復查者，即已確定。倘兼營營業人係符合兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1規定，帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得採用「直接扣抵法」，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額，惟於申報營業稅時選擇採用「比例扣抵法」調整稅額，並經國稅局核課確定者，因該期營業稅核課已生確定效力，嗣後不得再就該確定案件申請改採「直接扣抵法」調整當期稅額。
【舉例說明】甲公司為兼營營業人，104年間取得免稅銷售額之股利收入28,140萬元，其中國內股利350萬元已依規定於申報營業稅時，併入當年度最後一期之免稅銷售額按比例扣抵法計算調整稅額，並經該局核定，嗣後該局查得其當期取得國外股利收入27,790萬元，卻漏未依規定彙總加入當年度最後一期之免稅銷售額申報計算調整稅額，核定補徵營業稅738萬元，並處罰鍰258萬元，甲公司不服，申請復查主張改採直接扣抵法計算遭駁回。
「比例扣抵法」及「直接扣抵法」均為兼營營業人申報調整計算營業稅之法定方法，甲公司既於申報選擇採用比例扣抵法，且該案件經該局核定後，未申請復查，即生確定效力，並無適用法令錯誤或計算錯誤之情形，不得申請改採直接扣抵法。因此，特別提醒兼營營業人，於申報時應慎選較有利之計算方式，以免自身權益受損。