教育、文化、公益、慈善機關或團體（以下稱機關團體），承辦政府委辦業務，屬銷售貨物或提供勞務予他人以取得代價之銷售貨物或勞務行為，於辦理年度所得稅結算申報時，應填寫申報書第4頁「專供有銷售貨物或勞務者使用」之餘絀及稅額計算表，以正確計算該年度之課稅所得額及稅額。
依「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」（以下稱免稅適用標準）第2條第1項及第3條第1項規定，機關團體如有銷售貨物或勞務之所得應依法課徵所得稅，但如銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支出時，可將此不足支應的部分自銷售貨物或勞務之所得中扣除。另依財政部85年3月27日台財稅第851900292號函規定，機關團體承辦政府委辦業務，係屬銷售貨物或提供勞務予他人以取得代價之銷售貨物或勞務行為，其所取得之收入應計入當年度收入總額，依免稅標準第2條及第2條之1（現行第3條）規定徵免所得稅。常見機關團體誤將承辦政府委辦業務所得列為銷售貨物或勞務以外之所得，以致該筆所得漏未計算所得稅額。
【舉例說明】甲協會107年度所得稅結算申報案件，列報銷售貨物或勞務以外收入為1,100萬元、支出為1,060萬元，當年度支出比率為96.4%（1,060萬元/1,100萬元，大於60%），因該協會認為其當年度符合免稅適用標準之各項規定，遂填寫申報書第3頁「專供無銷售貨物或勞務者使用」之餘絀及稅額計算表，將當期餘絀數40萬元全額列為免稅所得。惟經查甲協會申報之收入及支出包括政府委辦業務收入500萬元、政府委辦業務之各項支出400萬元、非銷售貨物或勞務之收入600萬元及與創設目的有關活動之支出660萬元，該協會誤將政府委辦業務之收入及支出列於銷售貨物或勞務以外之收支項下，經該局將承辦政府委辦業務之所得100萬元（500萬元－400萬元）轉正為銷售貨物或勞務之所得，扣除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支出部分60萬元（660萬元－600萬元）後，餘40萬元應全額列為應稅所得，計算繳納所得稅額。
機關團體如有承辦政府委辦業務所取得之收入屬銷售貨物或勞務之收入，應依規定正確填報機關團體結算申報書，並按免稅適用標準之規定徵免所得稅。