個人涉嫌短漏報課稅所得之綜合所得稅案件，原則上國稅局會逐一發函調查，但屬於已有客觀事證而無須進行調查者，國稅局係採公告方式辦理，該發函日或公告日就是調查基準日，在調查基準日之後，納稅義務人就不能適用稅捐稽徵法第48條之1自動補報加計利息免罰的規定了。
補申報或申請更正案件，無法再使用網路申報，必須填寫人工申報書，有應繳納稅款者，亦無法使用ｅ化繳稅方式，只能填寫繳款書至金融機構繳納，而且必須從109年7月1日起至補繳之日止，就應補繳稅額依年利率1.04%按日加計利息一併繳納。
尚未辦理108年度綜合所得稅結算申報或已申報但發現有短漏報所得的民眾，應儘速向戶籍所在地稽徵機關辦理補申報，以維護自身權益。