營業人銷售免稅貨物或勞務，如欲放棄適用免稅規定，須經申請核准始得開立應稅統一發票。
依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第8條第2項規定，銷售免稅貨物或勞務之營業人，得申請核准放棄適用免稅規定，但核准後三年內不得變更。另依財政部令釋規定，銷售免稅貨物或勞務之營業人，倘未依前揭規定申請核准放棄適用免稅，而開立應稅統一發票交付買受人，買賣雙方並據以申報營業稅。如買受人取具符合營業稅法第33條規定之合法進項憑證，且無同法第19條規定不可扣抵之情形，則買受人已持該進項憑證申報扣抵之進項稅額，得免予補徵營業稅；惟銷貨人銷售免稅貨物或勞務應開立免稅統一發票，卻誤開立應稅統一發票，則應將該銷售額列入免稅銷售額，於年終計算調整當年度不得扣抵比例，就其已多扣抵之進項稅額，補繳營業稅。
【舉例說明】甲公司經營進口西洋芹、蘋果等蔬果批發零售，未依前揭規定向國稅局申請放棄適用免稅，於未經加工銷售時，因認為進口時已向海關繳納營業稅，卻將應開立之免稅統一發票誤開立為應稅統一發票交付予買受人，雖無短、漏報銷售額，惟甲公司誤開立應稅統一發票，仍應將銷售額列入免稅銷售額，於年終計算調整當年度不得扣抵比例，並就其已多扣抵之進項稅額，補繳營業稅。
營業人如有銷售免稅貨物或勞務且係開立應稅統一發票者，應先自行檢視是否已依法申請核准放棄適用免稅，如未經核准放棄免稅，不慎將銷售免稅貨物或勞務誤開立應稅統一發票，且買受人已持該憑證申報扣抵，致無法收回作廢重新開立免稅發票者，應留意須將該免稅銷售額列入年終計算調整當年度不得扣抵比例，且就其已多扣抵之進項稅額補繳營業稅，以免遭補稅處罰 。