納稅義務人未於法定期間內申報綜合所得稅，只要在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，自動補報並補繳稅款者，即可適用稅捐稽徵法第48條之1規定，加計利息免予處罰。
【舉例說明】甲君及配偶106年度有營利、執行業務及薪資所得超過當年度規定免稅額及標準扣除額之合計數，未辦理綜合所得稅結算申報，經該局核定補徵應納稅額32,000元，並處罰鍰12,800元。甲君申請復查，主張其因家人生病，工作忙碌以致忘記申報，請求撤銷罰鍰處分。經該局復查決定略以，綜合所得稅係採自行申報制，納稅義務人有應課稅之所得，依法即負有據實申報之公法義務，申請人未依規定辦理結算申報，致發生漏稅情事，核有過失，原處罰鍰應予維持。