以往扣繳單位網路申報非居住者及居住者各類所得扣免繳及股利憑單時，因網路申報系統每次上傳採「後檔」覆蓋「前檔」且限制上傳一個檔案，導致不同代理人(如仲介業者)或部門(如薪資、股務部門)承辦所得類別扣繳業務，僅能其中一個代理人或部門網路申報，其餘只能採人工或媒體檔案申報，實為不便。為改善此問題，財政部108年12月已推行「檔案識別碼」，有效解決扣繳單位多年來的困擾。
【舉例說明】扣繳單位有委託甲仲介、乙仲介或薪資部門、股務部門需申報各類所得憑單，現在只要向國稅局申請核配檔案識別碼(如甲仲介配給「A」，乙仲介配給「B」，以此類推)，各代理人或各部門再個別產製其「統一編號.檔案識別碼.年度(或給付年月日).U8」的檔案，即可分別網路申報各類所得憑單。
扣繳單位申請「檔案識別碼」，核准函將會核配1組8碼英數字組成的專屬「通行碼」，取得通行碼後，憑單申報部門或代理人至財政部電子申報繳稅服務網站(https://tax.nat.gov.tw)\常用服務\密碼申請頁面，點選「適用於已申請各類所得憑單檔案識別碼」，以「扣繳單位統一編號」及「通行碼」設定其個別「檔案識別碼」的「申報密碼」。日後即可利用「檔案識別碼」及「申報密碼」，以各類所得憑單電子申報系統（IMX）完成憑單上傳作業。