農業主管機關核發之農業使用證明書有二種，一種為「農業用地作農業使用證明書」，另一種為「農業發展條例第38條之1土地作農業使用證明書」。如果取具之農業使用證明書屬於「農業發展條例第38條之1土地作農業使用證明書」者，應另檢具都市計畫主管機關核發該土地符合農業發展條例第38條之1第1項第1款或第2款規定之證明，始可申請適用免徵遺產稅或贈與稅。
依據農業發展條例規定，依法編定為農業用地，並作農業使用者，可以依該條例第38條規定申請免徵遺產稅或贈與稅。若該土地因都市計畫變更為非農業用地，而又受限於都市計畫書之規定，如「依法應完成之細部計畫尚未完成」、或「已發布細部計畫，規定應實施市地重劃或區段徵收，於公告實施市地重劃或區段徵收計畫『前』」，無法按變更後之土地使用分區使用，只能繼續維持作原來農業使用者，該條例第38條之1規定，也可以享有農地之相同租稅優惠，以符租稅公平。換言之，如已依法編為非農業使用之土地，且已可依編定後之使用地類別使用時，縱土地所有權人仍作農業使用，亦無該條例第38條之1申請免徵遺產稅或贈與稅規定之適用。
【舉例說明】甲君辦理其夫遺產稅申報時，檢附農業主管機關核發之「農業發展條例第38條之1土地作農業使用證明書」，列報Ａ土地之農業用地扣除額，因未檢附都市計劃主管機關之證明文件，乃否准認列農業用地扣除額。甲君不服，申請復查，主張Ａ土地係作農業使用，符合遺產及贈與稅法第17條第1項第6款規定，可免徵遺產稅。經該局查得Ａ土地於被繼承人死亡時，業已變更為商業區，非屬農業發展條例所規定之農業用地，經函詢都市計劃主管機關，以Ａ土地不符合農業發展條例第38條之1第1項各款情形之一，是甲君雖已取具農業主管機關核發之農業使用證明書，仍未符合免徵遺產稅規定，而駁回其復查申請。
農業主管機關核發該土地作農業使用證明書，僅證明該土地之現狀作農業使用，至該土地是否符合農業發展條例第38條之1規定，仍須由都市計畫主管機關依職權認定。多數納稅義務人誤認作農業使用之土地，僅須取得農業主管機關出具之農業使用證明書，即可符合免徵遺產稅或贈與稅規定，疏未查明該土地是否依法由農業用地變更為非農業用地，而應另檢附都市計畫主管機關出具之證明，始得適用免徵遺產稅或贈與稅之規定。