108年度營利事業所得稅結算申報自109年5月1日開始受理，財政部電子申報繳稅服務網站（網址https://tax.nat.gov.tw）提供申報軟體供營利事業及教育、文化、公益、慈善機關或團體（以下稱機關或團體）使用，請多利用網路辦理申報及上傳附件資料，可節省申報時間及人力，又可節能減碳及避免人潮群聚。
鑑於嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19）疫情影響層面廣泛，108年度所得稅結算申報期限延長1個月至109年6月30日，營利事業及機關或團體採用網路辦理結算申報，應檢送之附件及會計師查核簽證報告書，可以在109年7月31日前將資料寄交所在地國稅局所轄分局、稽徵所，或者在109年7月30日前透過營利事業所得稅電子結（決）算申報繳稅系統軟體（即網路申報軟體）上傳送交；如果受疫情影響無法於繳納期間繳清稅捐，透過網路完成申報後，可以連結至財政部稅務入口網(網址https://www.etax.nat.gov.tw)線上申請延期或分期繳稅，營利事業、機關或團體只要輸入申請事由、延期期限或分期繳納期數等資料，依照申請事由檢附相關證明文件，例如申請事由為經中央目的事業主管機關提供紓困措施者，可檢附紓困補助匯款明細或水、電費減免等證明文件；如為收入驟減，可檢附營業稅401、403申報表；如為停工，可檢附停工公告或其他證明文件，財政部稅務入口網受理後，會寄出電子郵件通知申請人受理案號、承辦之國稅局所屬分局、稽徵所及預計處理完成時間，並提供網址以利申請人查詢處理進度。
營利事業適用「營利事業所得稅藍色申報書實施辦法」採用藍色申報、委託會計師查核簽證申報，及依據「營利事業所得稅結算申報案件擴大書面審核實施要點」採用擴大書面審核方式申報案件，如果經國稅局核准延期或分期繳納稅款，依財政部106年6月8日台財稅字第10600500620號令規定，仍視為如期繳清稅款，惟嗣後延期繳納稅款未依展延後期限繳納或分期繳納之任何一期應納稅款未按期繳納，該年度結算申報案件應視為普通申報依所得稅法相關規定處理，不得享有法定租稅獎勵或適用擴大書面審核，營利事業須特別注意，以免影響自身權益。