房地合一課徵所得稅制度（以下簡稱房地合一新制）自105年1月1日起施行，營利事業如在108年間有交易屬105年1月1日以後取得的房地，其房屋及土地交易所得應適用房地合一新制，於辦理108年度所得稅結算申報時計入營利事業所得額課徵所得稅，不適用所得稅法第4條第1項第16款有關出售土地免納所得稅之規定。
營利事業交易適用房地合一新制的房地，應依所得稅法第24條之5規定計算房屋、土地交易所得額，減除依土地稅法規定計算之土地漲價總數額後之餘額，計入營利事業所得額課稅，餘額為負數者，以零計算；其交易所得額為負者，得自營利事業所得額中減除，但不得減除土地漲價總數額。另考量房屋、土地交易所得計算時已減除土地漲價總數額，所以已繳納之土地增值稅，不得再列為成本費用。
【舉例說明】甲公司於105年10月2日買入房地，嗣於108年6月30日出售該房地(當日房地帳面價值970萬元)，相關費用20萬元(不含土地增值稅)，土地漲價總數額50萬元，繳納土地增值稅10萬元，由於該房地係於105年1月1日以後取得，應適用房地合一新制規定，其應計入之營利事業所得額，依不同的出售房地總額，分別計算如下：
【情況一：出售房地收入總額2,500萬元】
(一)房屋土地交易所得額：收入2,500萬元-成本970萬元-費用20萬元=1,510萬元
(二)計入營利事業所得額：房地交易所得額1,510萬元-土地漲價總數額50萬元=1,460萬元
【情況二：出售房地收入總額1,010萬元】
(一)房屋土地交易所得額：收入1,010萬元-成本970萬元-費用20萬元=20萬元
(二)計入營利事業所得額：房地交易所得額20萬元-土地漲價總數額50萬元=-30萬元(餘額為負，以0元計)
【情況三：出售房地收入總額980萬元】
(一)房屋土地交易所得額：收入980萬元-成本970萬元-費用20萬元=-10萬元(餘額為負，不再減除土地漲價總數額)
(二)自營利事業所得額中減除10萬元
房地合一新制之房地交易日及取得日的認定，原則以完成所有權移轉登記日為準，營利事業如有出售房地，應注意將適用房地合一新制課稅範圍之交易所得，依規定報繳營利事業所得稅。