有限合夥組織係以營利為目的，並具有法人格之商業組織，屬所得稅法第11條第2項規定以其他組織方式成立之營利事業，雖非公司組織，惟其營利事業所得稅課稅方式與公司組織並無不同，須遵循所得稅法相關規定，負擔納稅義務並享有分配盈餘權利。
依財政部108年5月16日台財稅字第10804535120號令規定，依有限合夥法設立登記之有限合夥營利事業，基於其與公司組織兩者適用課稅規定之一致性及租稅公平合理，如其會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用所得稅法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，可比照公司組織之營利事業，適用所得稅法第39條第1項但書有關前10年虧損扣除之規定，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年度純益額中扣除，再據以計算課稅所得額，核課所得稅。

營利事業於辦理所得稅結算申報使用前10年虧損扣除時，應自行檢視是否符合前述所得稅法相關規定，以維自身權益。