近期因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情，健保特約藥局依規定代售口罩及酒精等防疫物資，協助守住疫情防線，非常辛勞。民眾好奇詢問，藥局收入如何課稅呢？
藥局如僅專營藥品調劑、供應業務，應按其收入核定主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅。如藥局除經營藥品調劑、供應業務外，另兼營藥品或其他貨物銷售業務者，應依法辦理營業稅稅籍登記。其經營藥品調劑、供應業務之收入，係屬主持藥師、藥劑生之執行業務所得，課徵綜合所得稅；至銷售藥品或其他貨物之收入，則課徵營業稅及營利事業所得稅。
【舉例說明】民眾持醫生開立之處方箋至藥局拿藥，藥局依處方箋調劑藥品並向健保局領取調劑費及藥品費收入，係屬主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅，尚無課徵營業稅問題；藥局銷售非處方箋藥品或其他貨物部分，與一般店家銷售貨物或勞務沒有不同，應辦理稅籍登記課徵營業稅。經國稅局核定使用統一發票之藥局，銷售非處方箋藥品或其他貨物，應開立統一發票報繳營業稅。至於近期健保藥局受政府機關委託，代售徵用或配銷之防疫物資，且款項全數交委託機關解繳公庫，依傳染病防治法第55條規定免課徵營業稅。