107年2月7日修正公布所得稅法第42條，刪除第2項有關教育、文化、公益、慈善機關或團體(以下簡稱機關團體)獲配股利或盈餘不計入所得額課稅規定，請機關團體於今(109)年5月份辦理108年度結算申報時，應注意將108年度獲配之股利或盈餘計入銷售貨物或勞務以外之收入，並依所得稅法及教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準(以下簡稱免稅標準)規定徵、免所得稅。
機關團體銷售貨物或勞務之所得，應依法課徵所得稅，機關團體銷售貨物或勞務以外之收入如小於與其創設目的有關活動之支出即有不足支應數，銷售貨物或勞務之所得可以將不足支應數扣除，如有餘額，始予課稅。自107年1月1日起，機關團體獲配之股利或盈餘，應計入銷售貨物或勞務以外之收入中，因此機關團體107年以後在計算得自銷售貨物或勞務所得扣除之不足支應數，將可能減少，請機關團體於申報時特別注意。
【舉例說明】某財團法人甲108年度申報銷售貨物或勞務之所得900萬元，銷售貨物或勞務以外之收入800萬元(含股利收入700萬元)，與創設目的有關活動之支出1,000萬元，依修正前規定計算不足支應數為900萬元(100萬元-1,000萬元)，銷售貨物或勞務之所得900萬元，扣除不足支應數900萬元，課稅所得額為0，惟修法後其108年度不足支應數為200萬元（800萬元－1,000萬元），課稅所得額為700萬元（900萬元－200萬元）(詳附表)。
機關團體申報108年度所得稅時應注意將獲配之股利或盈餘計入其銷售貨物或勞務以外之收入，以正確計算得自其銷售貨物或勞務之所得中減除之不足支應數，並依所得稅法及免稅標準規定計算徵、免所得稅。該局也提醒機關團體自行檢視107年度申報案件，倘有申報錯誤情事，儘速自動補報補繳所漏稅款，凡屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查者，即可符合稅捐稽徵法第48條之1免罰規定。