營利事業之總機構在中華民國境內者，依所得稅法第3條第2項規定，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。對於其來自中華民國境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得由納稅義務人提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證，自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵，其可扣抵限額之計算，是以境外收入減除相關成本費用後之所得額為準，而不是直接以該筆境外收入來計算。
【舉例說明】甲公司106年度營利事業所得稅結算申報案件，列報境外無形資產授權之權利金收入5.2億餘元及境外所得可扣抵稅額6千4百餘萬元，經該局查核發現甲公司以當年度購入之專利權授權境外公司使用取得權利金收入，因該專利權已列報攤提費用2.4億餘元，經重新計算境外所得2.8億餘元及可扣抵限額4千7百餘萬元，予以補稅約1千7百餘萬元。
營利事業列報境外已納所得稅可扣抵稅額時，應備妥相關納稅憑證，並以境外收入減除相關成本費用後之所得為計算基礎，在不超過因加計國外所得依國內適用稅率計算增加之應納稅額限額內申報扣抵。