全民健康保險特約藥局(下稱健保藥局)於嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心(下稱疫情指揮中心)成立期間，受政府機關委託辦理代售徵用口罩，自政府取得之款項，以收入之100%認定其成本及必要費用，無須課徵所得稅，扣繳義務人亦免開立扣繳憑單。
因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情，疫情指揮中心宣布自109年2月6日起口罩販售採實名制，由健保藥局於疫情指揮中心成立期間依規定之價格代售政府徵用之口罩，其代售口罩自民眾取得之款項，全數交委託機關解繳公庫，不發生所得課稅問題。至健保藥局因協助執行代售口罩作業，每天付出人力、時間進行包裝銷售口罩，自政府取得每日新臺幣800元款項部分，係政府酌予補貼健保藥局因辦理代售口罩作業所產生之相關費用，於扣除該費用後並無所得，財政部爰核釋，該款項無課徵所得稅問題，從而扣繳義務人亦免依所得稅法第89條第3項規定，列單申報主管稽徵機關。