營利事業經查獲短漏報所得額，即使加計短漏之所得額後無應納稅額，為維護自動申報制度，督促營利事業善盡誠實申報之義務，仍應依所得稅法規定處罰。
依所得稅法第110條第3項規定，營利事業因受獎勵免稅或營業虧損，致加計短漏之所得額後仍無應納稅額者，應就短漏之所得額依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算的金額，分別依同法條第1項（已依規定辦理結算、決算或清算申報）及第2項（未依規定自行辦理結算、決算或清算申報）規定的倍數，處以2倍以下或3倍以下罰鍰。但最高不得超過9萬元，最低不得少於4千5百元。
【舉例說明】甲公司106年度營利事業所得稅結算申報，列報課稅所得額為虧損545萬元，嗣經查獲短漏報營業收入1,500萬元，核定短漏報所得額300萬元，並重行核定全部課稅所得額為虧損245萬元，雖無應納稅額，惟依前揭規定，仍應就其短漏報所得額300萬元，按106年度營利事業所得稅率17%計算的金額51萬元（300萬元×17%），處2倍以下的罰鍰，惟最高不得超過9萬元，最低不得少於4千5百元，故甲公司應處罰鍰金額為9萬元。