員工是企業最珍貴的資產，企業總是希望藉由提升員工福利來留住人才，不論是基於法令規定或出自對員工的關懷，最常見的就是提供員工健康檢查。營利事業支付這類健康檢查費用，可否列為營利事業的費用，或者是要併計為員工的所得等，都是營利事業相當關心的稅務問題。
營利事業如果是依職業安全衛生法及勞工健康保護規則所定範圍內，對在職員工施行之一般健康檢查、及對於從事特別危害健康之作業者施行特定項目之健康檢查，其依法所負擔之健康檢查費，可依營利事業所得稅查核準則第81條第5款及第8款規定核實列為職工福利費用，不視為員工之薪資所得。
但是如果是由營利事業補助員工健康檢查費，或於職業安全法規定外，增加健康檢查次數或項目負擔，應就屬於營利事業對員工健康檢查的補助列為薪資費用，至於員工取得之補助款，則屬所得稅法第14條第1項第3類之薪資所得，依法應合併員工薪資所得辦理扣繳。
給付員工健康檢查費時，應先區分給付之性質核實入帳申報，另屬於員工薪資所得部分，給付時也別忘了依規定辦理扣繳申報，以確保營利事業與員工之權益。