學校係教育部依大學法及專科學校法核定設立之教育及學術研究機構，其辦理產學合作（指依「專科以上學校產學合作實施辦法」規定辦理合作事項，或依「政府科學技術研究發展成果歸屬及運用辦法」規定執行科學技術研究發展計畫，下同）取得收入之營業稅課徵，應按「專科以上學校辦理產學合作收取之各項收入依加值型及非加值型營業稅法第8條規定徵免營業稅規定」（如附件）辦理，前開收入應課徵營業稅者，以簽約日於109年7月1日(含)以後之案件適用。
該部前以108年1月8日台財稅字第10700704180號令（下稱舊令）核釋，學校依教育部訂定「專科以上學校產學合作實施辦法」第3條各款規定辦理產學合作事項取得之收入，除專題研究、檢測檢驗、技術服務取得之收入，符合該部99年11月23日台財稅字第09900331970號令規定者及各類人才培育事項，向受教者收取費用部分得免徵營業稅外，其餘合作事項均應課徵營業稅；其中技術移轉及智慧財產權益運用取得之收入，自108年1月1日起課徵營業稅。
舊令針對學校辦理產學合作事項徵免營業稅之認定，僅從加值型及非加值型營業稅法(下稱營業稅法)第8條第1項第5款教育勞務面向為核釋，本案新令綜整各種產學合作態樣，通盤檢討於營業稅法第8條第1項第5款及第31款規定之適用，爰舊令之上述規定已無保留必要，擬予刪除。
考量營業稅為消費稅，由買方負擔，簽約時買賣雙方可將相關成本納入考量，為避免造成事後買賣雙方對於契約價金是否應含營業稅之爭議，新令明定學校辦理產學合作之收入應課徵營業稅者，以簽約日於109年7月1日(含)以後之案件適用；又我國加值型營業稅採進、銷項稅額扣抵制度，營業人與學校辦理產學合作所支付之進項稅額且供本業及附屬業務使用，得申報扣抵銷項稅額，尚不增加其負擔。