二、誤用前期統一發票或提前使用統一發票，漏未向主管稽徵機關報備。
三、總分支機構間領用之統一發票誤以為可以相互調借使用。
四、誤將不得扣抵進項憑證提出扣抵或將得扣抵進項憑證重複扣抵，致發生虛報進項稅額。
五、申報書之留抵稅額相關欄位漏未填寫或計算錯誤（例如與上期金額不符或誤將獨資商號變更前負責人累積留抵稅額轉入變更後負責人）。
六、將不可列入零稅率銷售額項目（例如出口無償之禮物）誤報適用零稅率，產生異常。
七、營業人外銷貨物且原已申報適用零稅率，嗣後因故退運回國內時，漏未填具「銷貨退回或折讓證明單」，並檢附復運進口證明文件，於當期（月）申報零稅率銷貨退回。
八、兼營營業人未申請放棄適用免稅，銷售免稅貨物（如生鮮蔬菜、水果）應依規定開立免稅發票而誤開立應稅統一發票。
九、年度結束時，營業人漏未將年度中取得之股利收入彙總列入當年度最後一期免稅銷售額申報，並依兼營營業人營業稅額計算辦法之規定計算調整應納稅額。
十、兼營投資營業人當年度實際營業期間未滿9個月，當年度應免辦理調整，應俟次年度最後一期再行調整，惟屢有營業人提前於當年度申報調整。