民眾到全民健康保險特約藥局（下稱健保藥局）購買政府徵用口罩或配銷之75%防疫清潔用酒精，不會拿到統一發票。
依傳染病防治法第55條規定：「中央流行疫情指揮中心（下稱疫情指揮中心）成立期間，各級政府機關依指揮官之指示，對於事業徵用及配銷防疫物資之行為，得不受公平交易法第14條、商品標示法有關商品標示文字、標示方法及標示事項等規定之限制；各該事業受各級政府機關委託，依政府機關規定價格代售徵用或配銷之防疫物資，其出售收入全數交該委託機關解繳公庫者，免課徵營業稅。」為因應新型冠狀病毒（武漢肺炎）疫情，疫情指揮中心宣布，自109年2月6日起口罩販售採實名制，於疫情指揮中心成立期間，健保藥局受政府機關委託，依規定價格代售徵用口罩取得的收入，全數交該委託機關解繳公庫，依前揭規定，藥局該部分收入不計入銷售額，免課徵營業稅，免開立統一發票。
另為提供充足防疫物資，滿足防疫需求，日前疫情指揮中心協調產製並依規定標示非食用之酒精成分75%防疫清潔用酒精（下稱75%防疫清潔用酒精），健保藥局代售該防疫清潔用酒精取得之款項，依傳染病防治法第55條規定，亦免課徵營業稅，免開立統一發票。
藥局如專營依醫師處方箋從事調劑及經調劑後藥品供應業務，未兼營藥品或其他貨物銷售業務者，免辦理稅籍登記，免課徵營業稅，惟應按其收入核定主持藥師、藥劑生的執行業務所得，依法課徵綜合所得稅。倘藥局除經營依醫師處方箋從事調劑及經調劑後藥品供應業務，尚兼營藥品或其他貨物銷售業務，則應依法辦理稅籍登記，其中屬銷售藥品及其他貨物的收入，應依法課徵營業稅。故於疫情指揮中心成立期間，不論專營或兼營依醫師處方箋從事調劑及經調劑後藥品供應業務的健保特約藥局，其受政府委託代售徵用口罩或配銷之75%防疫酒精取得的收入，均免開立統一發票，並免列入營業稅銷售額申報，切勿列入「免稅銷售額」申報，以免影響權益。
此次健保藥局配合代售配銷之75%防疫清潔用酒精向政府機關收取之手續費，係屬藥師、藥劑生配合供應防疫物資提供專業性勞務之收入，非屬營業稅課稅範圍，免開立統一發票。至於臺酒公司及台糖公司門市及鋪貨至超商、賣場等通路銷售上開75%防疫清潔用酒精，非屬傳染病防治法第55條規定範疇，仍應依法開立統一發票報繳營業稅。