因應新型冠狀病毒疫情，配合政府防疫措施，財政部分別於109年2月7日及109年2月24日發布令釋，全民健康保險特約藥局(下稱健保特約藥局)於嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心(下稱疫情指揮中心)成立期間，受政府機關委託，依政府機關規定價格代售徵用口罩及配銷防疫酒精，所取得之款項全數交該委託機關解繳公庫者，依傳染病防治法第55條規定免課徵營業稅，免開立統一發票。
嚴重特殊傳染性肺炎持續升溫，健保特約藥局代售政府徵用之實名制口罩，以及代售政府配銷之臺灣菸酒股份有限公司(下稱台酒公司)產製非食用之75%防疫清潔用酒精，依傳染病防治法第55條規定，疫情指揮中心成立期間，各該事業受各級政府機關委託，依政府機關規定價格代售徵用或配銷之防疫物資，其代售收入全數解繳公庫，免課徵營業稅。另健保特約藥局辦理前開配銷業務向政府收取之手續費，係屬藥師、藥劑生配合供應防疫物資提供專業性勞務之收入，非屬營業稅課稅範圍，亦免開立統一發票。
藥局代售實名制口罩、防疫酒精及收取政府之手續費均可免開立統一發票並免徵營業稅。