財政部核釋，全民健康保險特約藥局（下稱健保藥局）於嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心(下稱疫情指揮中心)成立期間，受政府機關委託，依政府機關規定價格代售配銷該中心依法協調產製並依規定標示非食用之酒精成分75%防疫清潔用酒精（下稱防疫酒精）取得之款項，全數交該委託機關解繳公庫者，依傳染病防治法第55條規定免課徵營業稅，免開立統一發票；健保藥局辦理前開業務向政府機關收取之手續費，係屬藥師、藥劑生配合供應防疫物資提供專業性勞務之收入，非屬營業稅課稅範圍，免開立統一發票。
為提供充足防疫物資，滿足防疫需求，配合疫情指揮中心配銷防疫酒精之政策，爰依傳染病防治法第55條：「中央流行疫情指揮中心成立期間……各該事業受各級政府機關委託，依政府機關規定價格代售徵用或配銷之防疫物資，其出售收入全數交該委託機關解繳公庫者，免課徵營業稅。」及加值型及非加值型營業稅法第3條第2項但書執行業務者提供其專業性勞務，非屬營業稅課稅範圍規定，予以釋明，以利徵納雙方遵循。