獨資資本主自其獨資經營事業所得之盈餘，係屬所得稅法第14條第1項第1類規定之營利所得，應併入獨資資本主綜合所得總額申報綜合所得稅。
獨資經營的營利事業，可分為每3個月經稽徵機關查定課徵營業稅的小規模營利事業（免辦理營利事業所得稅結算申報），及應辦理營利事業所得稅結算申報之營利事業，獨資資本主營利所得之計算及申報說明如下：
一、小規模營利事業之營利事業所得額，係按查定課徵營業稅的營業額，由稽徵機關依規定淨利率核定所得額，並納入提供查詢所得及扣除額資料範圍，獨資資本主得依稽徵機關提供查詢之所得資料，合併申報個人綜合所得稅。
二、小規模營利事業以外的獨資資本主，其獨資經營事業之營利事業所得額並非經由稽徵機關核算，故不在稽徵機關提供查詢之所得資料範圍內，應自行依其營利事業所得稅結算申報書之損益及稅額計算表之課稅所得額，列報為自其獨資經營事業所得盈餘之營利所得，合併申報個人綜合所得稅。
【舉例說明】甲君及乙君分別為獨資商號資本主，108年5月間均以臨櫃方式查詢其107年度所得及扣除額等資料，透過網際網路辦理107年度綜合所得稅結算申報。甲君之獨資商號為小規模營利事業，其營利事業所得額係由稽徵機關核定，甲君查調之所得已包含取自其經營獨資商號之營利所得，甲君自得據以辦理綜合所得稅結算申報；惟乙君之獨資商號並非小規模營利事業，其營利所得即不在稽徵機關依規定應提供查詢之所得資料範圍內，經該局輔導乙君自行依該獨資商號107年度營利事業所得稅結算申報書之損益及稅額計算表列報之課稅所得額，增列經營獨資商號之營利所得，完成107年度綜合所得稅結算申報程序。
納稅義務人查調之所得資料，僅為申報綜合所得稅之參考，如尚有其他來源之所得資料，仍應依法辦理申報；如有未依規定辦理申報而有短報或漏報情事者，除依規定免罰者外，仍應依所得稅法及其相關規定處罰。