營利事業之財務會計所得是依商業會計法及一般公認會計原則計算而來，目的在提供投資者或債權人公允表達的財務資料；稅務課稅所得則是依所得稅法及相關法令規定計算，當財務所得與稅務課稅所得發生差異，營利事業辦理所得稅結算申報時要依法進行帳外調整。
【舉例說明】甲公司105年度資產負債表列有無形資產-專利權1億元，係當年度自行研究費用資本化而來，簽證會計師於工作底稿表示符合財務會計規定，故將相關研究費用列為無形資產-專利權逐年攤銷。惟依所得稅法第60條及營利事業所得稅查核準則第96條第3項無形資產之估價規定，無形資產應以「出價取得者」為限，甲公司專利權非購買取得，依稅法規定不得列為無形資產，是否准認列該公司當年度列報之專利權攤銷費用200萬元，惟其研發費用可依營利事業所得稅查核準則第86條規定列為當年度費用。
營利事業依財務會計規定計算損益，但於辦理營利事業所得稅結算申報時，應注意稅法相關規定於申報書內自行調整，以免被調整補稅。