日前接獲很多扣繳單位反映，該單位高階管理人員與一般員工的薪資所得扣繳資料，係分別由人事部門和會計部門辦理申報，因帳號密碼只有一組，故需由其中一個部門彙整其他部門資料後，再一併辦理網路申報；或僅有一個部門採用網路，其餘部門採用人工或媒體辦理申報，造成實務作業的困擾。
為貼近扣繳單位之實務需求，財政部財政資訊中心已修正「各類所得憑單電子申報系統」，自即日起扣繳單位只要向所在地稽徵機關申請編配「檔案識別碼」，該扣繳單位就可以同時由不同部門或委託代理人(例如股務代理或人力仲介等)以網路申報扣（免）繳憑單及股利憑單。