納稅義務人應與配偶合併申報綜合所得稅，惟個人於年度中向戶政機關登記結婚或離婚者，於辦理該年度綜合所得稅結算申報時，可選擇與配偶分開或合併辦理結算申報。
依民法第982條及第1050條規定，我國婚姻制度採「登記」制，不論結婚或是離婚，都應向戶政機關辦理登記。故納稅義務人與配偶合併或分開申報綜合所得稅，係以戶政機關登記的婚姻狀態為準，倘納稅義務人全年度均無婚姻關係時，則當年度之綜合所得稅結算申報，不得列報配偶免稅額及相關扣除額；至年度中結婚或離婚之當年度，則可選擇與配偶分開或合併辦理綜合所得稅結算申報。
【舉例說明】納稅義務人甲君與乙君於107年底舉辦喜宴，於108年初始至戶政機關辦理結婚登記，在108年5月辦理107年度綜合所得稅結算申報時，因甲君與乙君於107年度並未向戶政機關辦理結婚登記，全年度均無婚姻關係，該局乃協助甲君、乙君分別以單身身分完成107年度綜合所得稅結算申報。另甲君與乙君已於108年初登記結婚，故甲君於109年5月辦理108年度綜合所得稅申報時，可選擇與配偶乙君分開或合併申報；如採合併申報者，則可列報配偶乙君之免稅額及相關扣除額。
納稅義務人辦理綜合所得稅結算申報時，應確認申報年度有合於民法規定的婚姻關係存在，始得列報配偶免稅額及扣除額，若有申報問題亦可向各地區國稅局洽詢，以免因誤列配偶免稅額及扣除額，除補稅外，還要依所得稅法規定處罰。