營利事業申報基本所得額時，自課稅所得額加計之當年度停止課徵所得稅之證券及期貨交易所得，應依年度順序減除前5年度經稽徵機關核定之停止課徵所得稅之證券及期貨交易損失。
依所得基本稅額條例第7條第1項第1款及第2項規定，營利事業如有依所得稅法第4條之1及第4條之2規定停止課徵所得稅之證券及期貨交易所得，應計入基本所得額；如發生損失，其經稽徵機關核定之損失，得自損失發生年度之次年度起5年內，從當年度停止課徵所得稅之證券及期貨交易所得額中減除。惟減除前5年度損失時，應依所得基本稅額條例施行細則第5條第6項規定，按損失發生年度順序，逐年依序減除；當年度無停止課徵所得稅之證券及期貨交易所得額可供減除或減除後尚有未減除餘額者，始得遞延至以後年度減除。
【舉例說明】甲公司106年度營利事業所得基本稅額申報，列報當年度應計入基本所得額之證券及期貨交易所得600萬元，於減除103及104年度證券及期貨交易損失各30萬元及40萬元後，申報計入基本所得額之證券及期貨交易所得為530萬元（600萬元－30萬元－40萬元）。惟甲公司上（105）年度應計入基本所得額之證券及期貨交易所得額為150萬元，其103及104年度證券及期貨交易損失應於105年度證券及期貨交易所得額中全數抵減，截至105年底止，甲公司應已無證券及期貨交易損失未減除餘額。甲公司105年度申報課稅所得額為虧損500萬元，因加計應計入基本所得額之證券及期貨交易所得額150萬元後，基本所得額為-350萬元（-500萬元+150萬元），未達所得基本稅額條例第3條第1項第9款規定之起徵點（50萬元），故於申報基本所得額時，未依序先將103及104年度證券及期貨交易損失30萬元及40萬元，自105年度證券及期貨交易所得中減除，致106年度證券及期貨交易所得多減除103及104年度證券及期貨交易損失70萬元（30萬元＋40萬元），106年度基本所得額少計70萬元。
營利事業辦理結算申報計算基本所得額之證券及期貨交易所得時，如有經稽徵機關核定之前5年證券及期貨交易損失可供扣除，應按損失發生年度順序，以當年度證券及期貨交易所得為限，逐年依序扣除，尚不得自行選擇扣除年度及金額。