為便利國庫資金調度，掌握課稅資料及減輕納稅義務人一次負擔全年稅款的壓力，並建立納稅觀念，扣繳義務人於給付所得時，應依規定之扣繳率扣取稅款，並於規定期限內向國庫繳清及向所在地稽徵機關申報扣繳憑單。
扣繳義務人繳納扣繳稅款及辦理扣繳申報之期限會依所得人身分而有不同，如所得人為中華民國境內居住者，扣繳義務人應於每月10日前將上一個月內所扣稅款向國庫繳清，並於每年1月底前將上一年內扣繳各所得人之稅款數額，彙報所在地稽徵機關；如所得人為非中華民國境內居住者，扣繳義務人應於代扣稅款之日起10日內，將所扣稅款向國庫繳清，並開具扣繳憑單，向所在地稽徵機關申報。
【舉例說明】甲君為某公司之負責人，即所得稅法規定之扣繳義務人，該公司於107年11月10日給付租金300,000元予所得人乙君（居住者）時，扣繳義務人甲君除按10%扣繳稅率扣取稅款30,000元（300,000元x10%）外，應依規定期限於次（12）月10日前向國庫繳清扣繳稅款，並於108年1月底前申報扣繳憑單。如乙君為非居住者，扣繳義務人甲君除應於107年11月19日（自給付日107年11月10日起算10日）前向國庫繳納扣繳稅款60,000元（300,000元x20%）外，並應於該期限（107年11月19日）前，向所在地稽徵機關申報扣繳憑單。
扣繳義務人應視所得人身分別不同，依所得稅法相關規定扣繳稅款及申報各類所得扣繳憑單，以免受罰。