小規模營利事業於給付薪資、租金或其他各類所得時，其扣繳義務人，亦即負責人，應依所得稅法第89條、第92條及各類所得扣繳率標準之規定辦理扣繳稅款及申報各類所得扣繳憑單暨免扣繳憑單【下稱扣(免)繳憑單】。
經核定免用統一發票的小規模營利事業，常誤認為其各種稅捐都是稽徵機關核定，無稅法上相關申報義務，以致給付薪資、租金或各類所得時，未依規定辦理扣繳稅款及申報扣(免)繳憑單而遭處罰。
以常見的租金為例，小規模營利事業如有給付房東(居住者個人)租金，扣繳義務人應於給付時按給付金額的10%扣取稅款(每次應扣繳稅額不超過新臺幣2,000元者，免予扣繳)，於次月10日前將上一個月所扣稅款向公庫繳納，並於次年1月底前將上一年內全年給付金額及扣繳稅款數額，申報扣(免)繳憑單。
【舉例說明】某甲經營小吃店，經核定免用統一發票，營業稅係由稽徵機關按季查定課徵，每月給付房東(居住者個人)2萬元租金，因扣繳稅額(2萬元10%)未超過2,000元免予扣繳，誤以為不用向稽徵機關申報免扣繳憑單，致違反所得稅法第89條第3項規定，經稽徵機關查獲處1,500元罰鍰，並通知限期補報或填發扣(免)繳憑單。
小規模營利事業扣繳義務人(即負責人)若發現有未辦理扣繳稅款或申報扣(免)繳憑單情形，請儘速補辦扣繳及申報，以適用相關減輕或免罰之規定。