經常接獲營業人詢問有關進、出口貨物發生退貨時，營業稅應如何申報之問題，該局特別將經由海關申報進、出口貨物之相關規定及申報方式整理如附表。
營業人外銷貨物且原已申報適用零稅率，嗣後因故退運回國內時，應自行依統一發票使用辦法第20條規定填具「銷貨退回或折讓證明單」，並檢附復運進口證明文件，於當期（月）申報零稅率銷貨退回。
另營業人進口貨物且按「載有營業稅額之海關代徵營業稅繳納證」之稅費繳納日期所屬月份，於申報當期（月）營業稅時一併申報扣抵銷項稅額者，嗣後該進口貨物如有向海關申報退運出口，並取得退還之營業稅額時，則應自行填具「海關退還溢繳營業稅申報單」，於發生退稅當期（月）之進項稅額中扣減之。該局提醒，稽徵機關會依海關通資料進行交查，營業人如漏未申報上開海關退稅資料導致虛報進項稅額，將會依加值型及非加值型營業稅法第51條第1項第5款規定處罰。